Bohaterem powieści Prusa jest Ramzes XIII, syn i następca tronu faraona - Ramzesa XII. Mianowany przez ojca namiestnikiem Dolnego Egiptu, usiłuje poznać strukturę państwa i przeprowadzić reformy, umacniając władzę faraonów, Egiptowi zaś przywrócić potęgę ekonomiczną i militarną. Tym samym podejmuje walkę z kapłanami, jednak nie docenia ich siły i bezwzględności w chęci utrzymania władzy. Konflikt przybiera na sile, kiedy Ramzes zostaje faraonem. Udaje mu się wprawdzie przeprowadzić wiele reform, gdy jednak planuje przejęcie skarbów kapłanów, ci wykorzystują zaćmienie słońca, by pokazać ludowi, że bogom nie podoba się postępowanie młodego władcy.

"Faraon" to powieść o konflikcie interesów klas społecznych: arystokracji, kapłanów i ludu, a także o mechanizmach władzy i prawach rządzących państwem.